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上海信帆生物:T細(xì)胞受體測(cè)序(TCR seq)

更新時(shí)間:2016-05-08      瀏覽次數(shù):2215

T細(xì)胞受體(T cell receptor,TCR)是T細(xì)胞表面特異性識(shí)別抗原和介導(dǎo)免疫應(yīng)答的分子,是人類基因組中多態(tài)性zui高的區(qū)域之一,決定著人的免疫系統(tǒng)如何適應(yīng)環(huán)境的變化。T細(xì)胞受體庫的多樣性(包括基因重組以及選擇性表達(dá))直接反映了機(jī)體免疫應(yīng)答的狀態(tài)。

TCR可分為TCRα/β和TCRγ/δ兩種類型, 外周血T細(xì)胞主要為TCRα/β的T細(xì)胞, 是介導(dǎo)機(jī)體特異性細(xì)胞免疫反應(yīng)的主要細(xì)胞。如圖1所示:TCRβ基因由可變區(qū)(V)、多變區(qū)(D)、結(jié)合區(qū)(J)和恒定區(qū)(C)四部分基因片段組成,形成互補(bǔ)決定區(qū)(complementarities determining region, CDR)和間隔的4個(gè)骨架區(qū)(framework region, FR)。

在T細(xì)胞發(fā)育過程中CDR1,2和FR區(qū)域相對(duì)保守,CDR3區(qū)由V、 D和J 進(jìn)行重排(如圖2所示)而形成具有功能的TCR編碼基因(T細(xì)胞克隆),由于V (65-100種)、D (2種)、J (13種)基因片段本身具有多樣性,此外,由于在重排的過程中,在VD及D-J的連接區(qū)經(jīng)常有非模板的核苷酸的隨機(jī)插入或刪除,進(jìn)一步增加了CDR3區(qū)的多樣性(連接形成的多樣性約為2 × 1011)。這種基因片段連接的不準(zhǔn)確性使TCR的表達(dá)呈多樣性, 以識(shí)別各種不同的抗原。正常個(gè)體在無抗原刺激時(shí),TCR基因重排是隨機(jī)的,因此正常人外周T細(xì)胞呈多家族、多克隆性特點(diǎn)。不同抗原(腫瘤、疫苗、病院微生物或者移植物等)刺激后,TCR V區(qū)基因可對(duì)該\抗原產(chǎn)生特異性識(shí)別,并使帶有這類基因的 T細(xì)胞得到優(yōu)勢(shì)擴(kuò)增,可用于分析不同 TCR V亞家族 T細(xì)胞的表達(dá)和利用。

T細(xì)胞受體測(cè)序(TCR seq),采用多重?cái)U(kuò)增的手段獲取TCRβ的CDR3區(qū)域,結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù),結(jié)合生物信息學(xué)分析手段,分析VDJ重排的方式等,廣泛應(yīng)用于腫瘤免疫、自身免疫性疾病、*免疫監(jiān)測(cè)、疫苗注射免疫監(jiān)測(cè)等領(lǐng)域。

技術(shù)特點(diǎn)

多重?cái)U(kuò)增:使用多組PCR引物對(duì)TCRβ的CDR3區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)增,而非探針捕獲

高通量:一次測(cè)序得到別條數(shù)的序列信息

高準(zhǔn)確性:從幾個(gè)到幾十萬個(gè)拷貝的計(jì)數(shù)

高分辨率:可以檢測(cè)至單堿基差異

重復(fù)性好:深度測(cè)序保證了檢測(cè)的隨機(jī)性,可不需技術(shù)重復(fù)

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